Motivation

Ich habe lange versucht, mir einzureden, dass mein bisheriger Workflow ausreichend ist. LaTeX ist super für längere Arbeiten, wie zum Beispiel meine Bachelorarbeit oder umfangreiche wissenschaftliche Manuskripte, damit bleibe ich definitiv am Ball. Aber für meine kurzen Laborprotokolle, die in der Regel nicht länger als fünf Seiten sind, ist LaTeX einfach overkill und LibreOffice zu umständlich, wenn man es richtig machen will.

Ein Laborprotokoll entsteht nicht linear. Es wächst. Zwischendurch kommen Ideen dazu, Code-Snippets, kleine Notizen, verworfene Hypothesen, Diagramme, neue Messreihen. Genau das wollen klassische Tools wie LibreOffice aber nicht. Sie wollen ein fertiges Dokument, kein lebendiges Arbeitsartefakt.

Ich will beim Schreiben nicht ständig zwischen Denkmodus und Formatierungsmodus wechseln. Ich will nicht überlegen müssen, warum mir irgendeine Formatierung schon wieder verrutscht ist. Und ich will vor allem nicht am Ende eines langen Experimenttages vor einem binären Dokument sitzen, das sich weder sinnvoll versionieren noch sauber nachvollziehen lässt.

Was ich brauche, ist etwas, das so funktioniert wie meine Arbeit im Labor selbst: inkrementell, textbasiert, reproduzierbar. Ein Format, in dem Text, Code und Struktur von Anfang an zusammengehören. Und genau an diesem Punkt wurde mir klar, dass für kurze Protokolle und einfache Arbeiten ein anderer Workflow her muss.

Warum Markdown perfekt ist

Markdown ist für mich der ideale Kandidat, weil es klar, leichtgewichtig und universell ist. Es ist rein textbasiert, daher voll versionierbar, leicht zu diffen (zum Beispiel mit Tools wie Difftastic) und jederzeit nachvollziehbar. Gleichzeitig ist es lesbar, auch ohne extra Software, und zwingt mich nicht, mich mit unnötigen Formatierungen herumzuschlagen.

Es erlaubt mir, Struktur und Inhalt sauber zu trennen: Überschriften, Listen, Tabellen, Codeblöcke, alles in einer klaren, minimalistischen Syntax, die sofort verständlich ist. Das macht es einfach, Gedanken, Messwerte und Notizen direkt nebeneinander zu schreiben, ohne den Schreibfluss zu unterbrechen.

Im direkten Vergleich zu LibreOffice Writer gewinnt Markdown in mehreren Punkten:

Kein Formatierungs-Glitching: Keine plötzlich versprungenen Bilder oder Tabellen
Einfache Versionierung: Textdateien lassen sich mit Git perfekt tracken
Plattformunabhängigkeit: Keine Kompatibilitätsprobleme zwischen verschiedenen Versionen oder Betriebssystemen
Reproduzierbarkeit: Das gleiche Markdown-Dokument erzeugt immer das gleiche PDF

Markdown ist außerdem plattformunabhängig. Ich kann an meinen Protokollen auf Linux, Windows oder sogar auf einem Tablet arbeiten, und der Text bleibt immer gleich, unverfälscht und transportabel. Keine Sorgen über proprietäre Dateiformate oder Kompatibilitätsprobleme.

Kurz gesagt: Markdown ist für kurze Laborprotokolle ein sauberes, flexibles und zukunftssicheres Werkzeug, das genau dort glänzt, wo LibreOffice versagt: beim flüssigen, inkrementellen Schreiben.

Vom Markdown-Dokument zum fertigen PDF

Der große Vorteil von Markdown ist nicht nur, dass es einfach zu schreiben ist. Es lässt sich auch problemlos in ein sauberes, gut formatiertes PDF überführen, ohne dass ich dafür jedes Mal ein kompliziertes Layout in LibreOffice anpassen müsste. So bleibt der Schreibfluss erhalten, während am Ende ein fertiges, professionell aussehendes Dokument entsteht.

Der Übergang von Text zu PDF kann automatisiert werden, sodass ich mich auf das Wesentliche konzentriere: meine Daten, Beobachtungen und Analysen. Markdown bleibt die zentrale Quelle, und alles andere wird daraus abgeleitet. Kein händisches Anpassen, kein Rätselraten über Seitenränder oder Kopfzeilen. Alles fließt direkt aus meinem Schreibprozess in ein sauberes Enddokument.

Hier ist die überarbeitete Version ohne Gedankenstriche und in Ich-Form/neutraler Sprache:

Pandoc: Was ist das und wozu dient es?

Pandoc ist ein universeller Dokumentenkonverter. Er kann praktisch jedes Textformat in nahezu jedes andere konvertieren. Für mich heißt das konkret: Ich schreibe meine Laborprotokolle in Markdown, und Pandoc sorgt dafür, dass daraus ein sauberes, professionell formatiertes PDF entsteht.

Pandoc ist dabei mehr als ein simpler Konverter:

Es unterstützt Überschriften, Listen, Tabellen, Fußnoten, Quellcode und Formeln.
Es kann Templates verwenden, um das Aussehen des Enddokuments anzupassen.
Es integriert sich problemlos mit LaTeX, um hochwertige PDFs zu erstellen.

Installation auf Debian

Auf Debian oder Debian basierten Systemen wie Ubuntu lässt sich Pandoc zusammen mit einer LaTeX Distribution installieren, um sofort PDFs erzeugen zu können:

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sudo apt update
sudo apt install pandoc texlive-xetex texlive-latex-recommended texlive-lang-german texlive-latex-extra texlive-science

pandoc: der eigentliche Konverter
texlive-xetex: LaTeX Engine für schöne PDFs
texlive-latex-recommended und texlive-latex-extra: zusätzliche Pakete, die für die meisten Dokumente nötig sind

Nach der Installation kann das Markdown Dokument direkt in ein PDF überführt werden.

Ein Beispiel: YAML-Header im Markdown-Dokument

Der große Vorteil von Pandoc ist, dass sich viele Layout- und Dokumentoptionen direkt im Markdown-Dokument selbst festlegen lassen. Das passiert über einen sogenannten YAML-Header, der ganz am Anfang der Datei steht.

Dieser Header beschreibt Metadaten (Titel, Autor, Datum) genauso wie Layout-Details (Schriftart, Seitenränder, Zeilenabstand).

Wichtig: Das ist kein Bruch mit Markdown, sondern eine bewusste, kontrollierte Erweiterung, genau dort, wo sie sinnvoll ist.

Ein Beispiel für ein einfaches Laborprotokoll könnte so aussehen:

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title: "Chlorid-Bestimmung (Fällungstitration)"
author: "Marie Curious"
date: "25.10.2019"
geometry: margin=2.5cm
fontsize: 12pt
mainfont: "Arial"
linestretch: 1.2
toc: true
toc-depth: 2
header-includes:
  - \usepackage{caption}
  - \captionsetup[table]{skip=10pt}
  - \usepackage{booktabs}
  - \usepackage[version=4]{mhchem}
  - \usepackage[german]{babel}
---

Was hier passiert, ist für mich der entscheidende Punkt dieses Workflows:

Markdown bleibt das Hauptformat für den eigentlichen Text.
LaTeX wird gezielt dort eingesetzt, wo es wirklich Sinn ergibt.
Das Dokument bleibt lesbar und wartbar, auch ohne PDF-Erzeugung.

Ich schreibe also weiterhin ganz normal Markdown (Überschriften, Tabellen, Text, Code) und nutze LaTeX nur punktuell für Dinge wie:

saubere Tabellen (booktabs)
chemische Formeln (mhchem)
feiner kontrollierte Abstände bei Abbildungen und Tabellen

Das Ergebnis ist kein Entweder-oder zwischen Markdown und LaTeX, sondern eine bewusste Kombination: Markdown für den Schreibfluss, LaTeX für Präzision dort, wo sie gebraucht wird.

Markdown + LaTeX in der Praxis: ein echter Protokollausschnitt

Ein wichtiger Punkt dieses Workflows ist: Ich verzichte nicht auf LaTeX, sondern setze es dort ein, wo es fachlich notwendig und sinnvoll ist. Ein typisches Beispiel sind chemische Reaktionsgleichungen, Referenzen und mathematische Umgebungen.

Der folgende Abschnitt ist ein realitätsnaher Ausschnitt aus einem Laborprotokoll, so wie ich es tatsächlich schreiben würde, direkt im Markdown-Dokument:

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## Titration nach Volhard

Die Probelösung wird mit einer Silbernitratlösung versetzt, mit welcher das in der Lösung enthaltene Chlorid umgesetzt wird. Das Chlorid fällt sofort als Silberchlorid (weiß) aus (Gleichung \ref{eq:silberchlorid}).

\begin{equation}
\ce{Ag+ + NO3- + Cl- -> AgCl v + NO3-}
\label{eq:silberchlorid}
\end{equation}

Das in der Lösung verbleibende Silber wird mit einer Thiocyanatlösung titriert. Dabei fällt \ce{AgSCN} (weiß) aus (Gleichung \ref{eq:silberthiocyanat}).

\begin{equation}
\ce{Ag+ + NO3- + SCN- -> AgSCN v + NO3-}
\label{eq:silberthiocyanat}
\end{equation}

Sobald das Silber vollständig umgesetzt ist und freie Thiocyanat-Ionen (\ce{SCN-}) vorliegen, bilden sie mit der Indikatorlösung einen farblichen \ce{Fe(SCN)3}-Komplex, der den Endpunkt der Titration andeutet (Gleichung \ref{eq:komplexbildung}).

\begin{equation}
\ce{3 NH4SCN + NH4Fe(SO4)2 -> Fe(SCN)3 + NH4+ + 2 SO4^{2-}}
\label{eq:komplexbildung}
\end{equation}

Bei der Bestimmung von Chlorid handelt es sich um eine **indirekte Titration**, da nicht das Chlorid in der Lösung bestimmt wird, sondern das nicht mit Chlorid umgesetzte Silber.

Was hier gut sichtbar wird:

Fließtext und Struktur kommen aus Markdown.
Chemische Notation, Gleichungen und Referenzen kommen aus LaTeX.
Beides existiert nebeneinander in einer einzigen Textdatei.

Pandoc reicht diese LaTeX-Umgebungen unverändert an die LaTeX-Engine weiter. Das bedeutet: Referenzen, Nummerierung und chemische Formeln funktionieren genauso zuverlässig wie in einem reinen LaTeX-Dokument ohne dass ich meinen gesamten Text in LaTeX schreiben muss.

Für mich ist genau das der Sweet Spot:

Markdown für das Schreiben, LaTeX für die Wissenschaft.

Noch ein Beispiel: Markdown-Tabellen und LaTeX-Formeln zusammen

Hier treffen zwei typische Anforderungen aufeinander:

komplexere mathematische Ausdrücke, die sauber gesetzt und referenzierbar sein müssen
einfache, übersichtliche Tabellen, die man schnell schreiben und lesen will

Genau dafür ist dieser Workflow gemacht.

Ein typischer Abschnitt aus einem Protokoll könnte so aussehen:

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Der Gehalt an Chlorid [%] in der Lösung wurde anschließend mit Gleichung \ref{eq:chloridmasse} berechnet:

\begin{equation}
m_{\mathrm{Cl}} = \frac{V_0 - V_p}{m} \cdot f \cdot 3.545
\label{eq:chloridmasse}
\end{equation}

wobei:

- $m_{\mathrm{Cl}}$ die Chloridmasse in mg ist
- $V_0$ das Leervolumen in mL
- $V_p$ das Probenvolumen in mL
- $m$ die Einwaage in g
- $f$ der Faktor der Maßlösung
- $3.545$ die stöchiometrische Konstante

# Ergebnisse

Insgesamt wurden sechs Titrationen durchgeführt, die in Tabelle 1 aufgelistet sind.

**Tabelle 1:** Der ermittelte Chloridgehalt der einzelnen Versuche.

| Versuch Nr. | Einwaage [g] | V (Blindwert) [mL] | V (Probe) [mL] | Gehalt [%] |
|:-----------:|-------------:|-------------------:|---------------:|-----------:|
| 1           | 0.5107       | 10.1              | 8.55           | 0.5380     |
| 2           | 0.4920       | 10.1              | 8.45           | 0.5944     |
| 3           | 0.4938       | 10.1              | 8.50           | 0.5743     |
| 4           | 0.4935       | 10.1              | 8.45           | 0.5926     |
| 5           | 0.5013       | 9.85              | 8.35           | 0.5271     |
| 6           | 0.5123       | 10.0              | 8.40           | 0.5536     |

# Auswertung

Der durchschnittliche Gehalt an Chlorid berechnet sich zu:

\begin{equation}
\bar{x} = \frac{1}{n} \sum_{i=1}^{n} x_i = 0.5635\%
\label{eq:mittelwert}
\end{equation}

Was dieses Beispiel gut zeigt:

Formeln profitieren von LaTeX (Lesbarkeit, Referenzen, sauberes Layout).
Tabellen sind in Markdown schneller geschrieben als in reinem LaTeX.
Der Text bleibt klar strukturiert und gut lesbar, auch im Rohformat.

Für kurze Laborprotokolle ist das ein enormer Gewinn: Ich bekomme die typografische Qualität von LaTeX dort, wo sie nötig ist und die Einfachheit von Markdown überall sonst.

Vom Markdown-Protokoll zum fertigen PDF

Am Ende dieses Workflows steht genau das, was im Laboralltag gebraucht wird: ein sauberes, gut formatiertes PDF, das abgegeben, archiviert oder weitergegeben werden kann. Der entscheidende Punkt ist dabei, dass dieses PDF nicht manuell gebaut wird, sondern reproduzierbar aus dem Markdown-Dokument entsteht.

Das gesamte Laborprotokoll, bestehend aus Text, Formeln, Tabellen, Metadaten und gezielte LaTeX-Erweiterungen, steckt in einer einzigen Datei, zum Beispiel:

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chlorid-bestimmung.md

Die Erzeugung des PDFs ist dann ein einzelner, klarer Kommandozeilenaufruf:

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pandoc chlorid-bestimmung.md \
  -o chlorid-bestimmung.pdf \
  --pdf-engine=xelatex

Mehr braucht es nicht.

Pandoc liest dabei:

den YAML-Header (Titel, Autor, Schriftart, Seitenränder, Inhaltsverzeichnis …)
den Markdown-Text (Struktur, Tabellen, Listen)
die eingebetteten LaTeX-Elemente (Formeln, Referenzen, mhchem, booktabs)

und übergibt alles an die LaTeX-Engine xelatex, die daraus ein hochwertiges PDF erzeugt.

Das Entscheidende an diesem Schritt ist nicht der Befehl selbst, sondern seine Wirkung:

Das PDF ist vollständig reproduzierbar.
Änderungen passieren immer im Markdown, nie im Enddokument.
Es gibt keine manuelle Nachbearbeitung.

Für mich ist genau das der Punkt, an dem sich der Workflow lohnt: Schreiben, rechnen, dokumentieren und am Ende ein einzelner Befehl, der ein fertiges Protokoll erzeugt.

LibreOffice brauche ich dafür nicht mehr.

Beispieldateien

Das in diesem Artikel verwendete Beispielprotokoll steht als Download zur Verfügung. Das Archiv enthält sowohl das Markdown-Quelldokument als auch das daraus generierte PDF.

pandoc_workflow.tar.gz: Enthält chlorid-bestimmung.md und chlorid-bestimmung.pdf

Damit lässt sich der beschriebene Workflow direkt nachvollziehen und testen.

Motivation#

Warum Markdown perfekt ist#

Vom Markdown-Dokument zum fertigen PDF#

Pandoc: Was ist das und wozu dient es?#

Installation auf Debian#

Ein Beispiel: YAML-Header im Markdown-Dokument#

Markdown + LaTeX in der Praxis: ein echter Protokollausschnitt#

Noch ein Beispiel: Markdown-Tabellen und LaTeX-Formeln zusammen#

Vom Markdown-Protokoll zum fertigen PDF#

Beispieldateien#